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Während des Studiums war er Mitherausgeber der leider kurzlebigen Satirezeitschrift Die Klinik und Redakteur der Radio-Comedy-Show Eure Tagesordnung. Als Teil des Ensembles Die Dusche brachte er komische literarisch-musikalische Kleinode auf die Bühne.
Von 1999 bis 2001 arbeitete er als wissenschaftlicher Angestellter im Fach Komparatistik an der Uni Tübingen. Im Frühjahr 2000 hatte er mit Bitte nicht füttern. Eine Novelle in Dialogen in der Zeitschrift manuskripte seine erste größere literarische Veröffentlichung.
Mit dem Erscheinen seines Erzählbands Henry Silber geht zu Ende zog er 2001 nach Berlin. Seither ist er freier Schriftsteller, Journalist und Übersetzer. Außerdem macht er Texte an Musik als Mitglied der Gruppe Fön und ist in dieser Eigenschaft schon viel auf Tour gewesen, unter anderem ausgiebig in Osteuropa.
Hin und wieder schrieb Michael Ebmeyer für das jetzt-Magazin der Süddeutschen Zeitung, und von 2005 bis 2008 war er Kolumnist der Zeitschrift NEON.
2002 wurde sein Roman Plüsch veröffentlicht, 2004 die Fön-CD Wir habenZeit sowie der zu viert verfasste Abenteuerroman K.L. McCoy - Mein Leben als Fön. 2005 folgte sein Roman Achter Achter. 2007 erschien seine Gebrauchsanweisung für Katalonien, und Fön veröffentlichte endlich eine zweite CD, Ein bisschen plötzlich.
Für seine Recherchen zum Roman Der Neuling im Gebiet Kemerowo, Sibirien, erhielt Michael Ebmeyer das Grenzgänger-Stipendium der Robert Bosch Stiftung.
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